學甲原為西拉雅族住地。1661年，鄭成功入台，驅逐荷人，漳泉兩地移入人口逐漸增加，結成部落，「西拉雅族」或移居他地或與移入者通婚而逐漸漢化。1875年，台灣設台灣、台北兩府，台灣府轄有台灣、嘉義兩縣，學甲隸屬於嘉義縣。1889年台灣府新設台南府、台東直轄洲，本鎮仍隸台南府轄下嘉義。1895年日軍入台本地居民群起抵抗，紛紛組織抗日軍，在大埔口（今之平東里）與急水溪（宅港里二港子部落）兩處，作一晝夜之死鬥，終被擊敗，紛紛逃亡，而宅港與學甲之房屋悉被日軍放火焚燬，老弱婦幼即逃奔至蕭壠社(佳里)。後又遭日軍在蕭壠社大屠殺。
1896年學甲社改為學甲堡隸台南縣，同年改隸屬嘉義縣。1901年廢縣改廳，改隸屬鹽水港廳北門嶼支廳。1910年鹽水港廳合為台南廳，仍隸台南廳北門嶼支廳。至1920年十月一日實行街庄制，廢區置庄，將中洲、學甲兩區合併為「學甲庄」隸屬於台南洲北門郡。1946年改庄為鄉，稱謂學甲鄉。1968年改制設鎮。
